La costruzione dell'attiguo monastero cistercense, iniziato nel 1601, seguì le stesse fasi costruttive della Basilica (pregevoli il coro dei monaci ed il refettorio).
Il complesso cistercense fu completato nel 1644.
L'armonioso chiostro crea uno spazio interno di sapore ancora rinascimentale. Pregevoli affreschi decorano l'interno del monastero nelle celle, nei corridoi, nel refettorio dove il Bortoloni ed il Biella, (artefici della splendida decorazione pittorica di tutta la Basilica) offrono un prezioso saggio della loro bravura artistica (Cena di Emmaus).
Il grande insediamento si completa con la grande palazzata che definisce lo spazio sacro attorno al Santuario. Le diverse costruzioni sorsero nel tempo con precise funzioni caritative: Ospizio dei Pellegrini, Ospedale Casa degli Orfani o Seminario, Penitenzieria ed Eremo.
A partire dal 1986, per oltre quindici anni, il Santuario Basilica fu oggetto di importanti restauri che interessarono prima le strutture portanti e quindi il vastissimo patrimonio pittorico che coi suoi 6.032 metri quadrati di superficie dipinta è il più grande del mondo.